What did you say? => Что вы сказали (я не понял / прослушал)?

(I'm sorry), I didn't understand you. / I don't understand you.

(I'm sorry), I didn't quite catch you / your name / your telephone number / ... => (Извините,) Я не совсем понял вас / не совсем разобрал ваше имя / ваш номер телефона

(I'm sorry,) I missed... => (Извините,) Я не расслышал / не разобрал (время / место / адрес / ...).

I don't get it / your meaning. => Я вас не понимаю.

I didn't get your name / telephone number / address / ... =>

Я не разобрал ваше имя / номер телефона / адрес / ...

I don't follow you. => Я не понимаю, о чем вы говорите. / Я не могу уследить за ходом ваших мыслей.

Pardon? / Excuse me? / Sorry? / I beg your pardon? => Извините?

Come again? (при близком знакомстве с собеседником) => What did you say?